در سمت شمال غربی محوطه ی حیاط کلیسا بنای یادبود شهدای نسل کشی ارامنه در سال 1915 میلادی بدست دژخیمان دولت عثمانی ترکیه دیده می شود. این بنا در سال 1975 میلادی، در شصتمین سالگرد نسل کشی ساخته شد.

بنا در یک محوطه ی مربعی شکل قرار دارد. در مرکز آن چهار ستون افراشته شده اند که در بالا به هم می پیوندند.

اطراف این برج تخته سنگ های حکاکی شده با نقوش هنر ارمنی چیده شده اند و در گوشه ی چپ بنا طرح چشمه ی جاویدان قرار گرفته است.

طراح و مهندس سازنده ی بنای یادبود آقای آلبِرت عجِمیان نمادهای آن را اینچنین توصیف می نماید:

بنای یادبود سه مفهوم اصلی را تداعی می کند:

الف) نسل کشی ارامنه، که روند رشد طبیعی ملت ارمنی و شکوفایی فرهنگ آن در دیار آبا و اجدادیش را مختل کرده است، که نماد آن هرمی است با قائده ی مربعی شکل که به سمت بالا کشیده شده و با تخته سنگ های حکاکی شده که سمبلی از فرهنگ چندهزار ساله ارمنی می باشد، احاطه شده است. این نماد هرمی با برشی صلیب مانند به چهار قسمت تقسیم شده است، که بیانگر از هم گسستن ملت و فرهنگ ارمنی توسط نسل  کشی می باشد.

ب) چهار ستون برافراشته بر روی بنیان صلیبی شکل، که تاج آنها را گنبدی با طاق های فاتحانه تشکیل می دهد، نمایانگر زایش دوباره ی ملت ارمنی بعد از نسل کشی می باشند.

ج) طرح چشمه ی جاویدان، وضعیت غیرطبیعی ملت ارمنی را به تصویر می کشد؛ حقیقت میهن-دیاسپورا (Diaspora= ارامنه ای که خارج از ارمنستان زندگی می کنند)،  که گرچه به شکل یک کاسه ی هرمی شکلِ دونیم شده می باشد، ولی با علامت جاودانگی در سرچشمه ی آب حیات به هم پیوسته است.

* بعداً، طرح چشمه ی جاویدان تبدیل به آتشگاه شده است، جایی که آتش جاودانه یادواره شهدای نسل کشی ارامنه در سال 1915 میلادی بدست دژخیمان دولت عثمانی ترکیه شعله ور می شود.

هر ساله در هفته ی دربرگیرنده ی روز 24 آوریل مراسم یادبود شهدای نسل کشی با حضور تمامی اقشار جامعه ی ارامنه اصفهان در این مکان برگزار می گردد.