Ս. Յակոբ եկեղեցին գտնւում է Ս. Աստւածածին եկեղեցու շրջափակում, բակի հիւսիս-արեւմտեան անկիւնում։ Կառուցւել է 1607 թւականին եւ համարւում է Ջուղայի առաջին եկեղեցին, երբ հայերը Ջուղա գալով կառուցեցին այն։ Ս. Յակոբ եկեղեցուն Նոր Ջուղայի պատմագիրը եւ այլ ուրիշներ, թէեւ անւանում են մատուռ, փոքր լինելու պատճառով, բայց իրականում դա օրինաւոր մի եկեղեցի է, իր կանոնաւոր շինւածքով, բեմով, դասով, ժողովրդեան մասով եւ ընդհանուր ոճով։ Մուտքի դռան վերեւում ունի հետեւեալ արձանագրութիւնը մարմար քարի վրայ.
«Եկեղեցիս Ս. Յակոբայ Մծբնայ Հայրապետին կառուցաւ թ. ՌԾԶ (1607)»։
Եկեղեցին ունի փոքր շէնք։ Շինութիւնն ունեցել է խաչաձեւ կառուցւածք, բայց յետոյ ըստ երեւոյթին, երբ կառուցւել է Աբգարեան դպրոցի շէնքը 1843 թւականներին, աջ կողմի (հարաւային մասի) թեւը եւ խորանը կտրւել են, բակը ուղղանկիւն դարձնելու դիտաւորութեամբ, որով հարաւային գլխաւոր մուտքը թեւից ներս գալով, դրւել է բեմի եւ ժողովրդեան մասի պատի ուղղութեան վրայ։ Եկեղեցին դասի դռնից բացի, մի մուտք ունէր նաեւ հարաւային պատի վրայ, ժողովրդեան մասի հարաւ-արեւմտեան անկիւնում, որ վերջին տարիներում փակւեց եւ դրան միացնող միջանցքը վերածւեց սենեակների։ Եկեղեցու յատակը կէս մեթր վար է բակից, հակառակ Ս. Աստւածածին եկեղեցուն, որն աւելի քան կէս մեթր բարձր է բակի յատակից։ Ունի երեք փոքր գմբէթ, որոնցից մէկը՝ համեմետաբար աւելի մեծ, գտնւում է ժողովրդեան մասի առաջամասում։ Եկեղեցու ներսի պատերին կան մեծ թւով խաչքարեր, նաեւ երկուսը՝ դռան վերեւում, դրսի կողմում։ Խաչքարերից ամենահինը կրում է ՌԾԶ (1607) թւականը, որը գտնւում է բեմի վրայ, սեղանի յետեւի պատին։ Խաչքարերի արձանագրութիւններից բացի, եկեղեցին ունի եւս երկու այլ արձանագրութիւն, որոնցից մէկը բեմի առջեւում քարի վրայ է, իսկ միւսը՝ աջ կողմի խաչաթեւի արեւելեան պատին, մետաղի վրայ, որոնք բերում ենք ստորեւ.
1)
«Որք հանդիպիք յայսմ տեղին,
Եւ տուք ողորմի լուսահոգին,
Որ հանգուցեալ էի մէջ ծովին,
Տապանս է Իւրէնց Սարգսին,
Թվ ՌՃՁ (1731)»։
2)
«Եկեղեցիս սրբոյն Յակոբայ Մծբնայ Հայրապետի, կառուցաւ ի 1606-7 ամի Տեառն։ Վերստին նորոգեալ եղեւ տրովք բարեպաշտաց ի 1890 ամի ի Հայրապետութեան Տ. Տ. Մակարայ Սրբազնագոյն Կաթողիկոսի, Առաջնորդութեան Ամենափրկչեան Ս. Վանաց Տ. Եսայեայ սրբազան Արքեպիսկոպոսի։ Քանդակեալ եւ նուիրեալ ի պրն. Խաչկէ Վ. Գ. Աբգարեանց առ վերոյիշեալ Սուրբ եկեղեցին»։
