هیئت مذهبی ادارۀ امور دینی حوزۀ خلیفه گری را بر عهده دارد و مرکب از پنج عضو روحانی و غیر روحانی است که به مدت دو سال احراز سمت می کنند و اعضای آن در دوره های متوالی می توانند در این سمت برگزیده شوند.

هیئت مذهبی برای ادارۀ امور کلیساها و رسیدگی به امور دینی جامعۀ ارمنی هیئت هایی را بر می گزیند از جمله: هیئت کلیساهای جلفا، هیئت آموزش های دینی، هیئت مشاور قضایی.