خليفه عاليترين مقام  مذهبی خليفه ­گری است و از سوی مجمع نمایندگان حوزۀ خلیفه گری انتخاب و با تصویب مرکز دینی سیلیسی برای مدت نامحدود در حوزۀ کلیسایی ذیربط مشغول به کار می شود.

از جمله وظائف و اختیارات خلیفه نظارت بر اجرای صحيح مفاد اساسنامه و آئين نامه ­های اجرایی مذهبی، رسيدگی و نظارت در كليه امور شرعيه و عرفيه خليفه ­گری، رسيدگی به حسن انجام امور مذهبی كليساها می باشد.