این کلیسا در خیابان حکیم نظامی قرار دارد و بر اساس سنگ نوشته­های نصب شده در جلوی محراب، آن درسال 1611م به دست بازرگان معروف جلفا، خواجه نظر، ساخته شده و به همین علت هم به کلیسای خواجه معروف است.

ساختمان کلیسا پلانی مستطیل شکل در جهت شرقی-غربی با ابعاد 2616/11 متر دارد و دارای سه گنبد کوچک قوسی شکل است. گنبدها و سقف کلیسا بر روی قوس­هایی قرار گرفته­اند که بر روی سه جفت ستون پهن متصل به دیوارهای داخلی تکیه دارند. هر سه گنبد، که از میان آنها گنبد شرقی بزرگ­تر است، دارای نورگیرند. در منتهی الیه قسمت غربی کلیسا و بر روی سقف آن برج ناقوس قرار گرفته که در سال 1920م بنا شده است. مصالح به کار رفته در کلیسا عبارتند از آجر و خشت. دیوارهای خارجی بنا با کاهگل و دیوارهای داخلی با گچ پوشانده شده­اند و بر روی دیوارهای داخلی تزیینات مختصری به شکل خطوط هندسی ترسیم شده است.

در میان کلیساهای جلفای اصفهان کلیسای گئورگ مقدس به علت وجود سنگ­های مقدس در آن از اهمیت خاصی برخوردار است. این سنگ ها به فرمان شاه عباس به اصفهان آورده شدند. پادشاه صفوی که سعی داشت به هر وسیله ممکن ارمنیان را در اصفهان نگاه دارد و از اعتقادات عمیق مذهبی آنان نیز مطلع بود، دستور داد تا اِجمیادزین مقدس، کلیسای اصلی ارمنیان جهان، را تخریب و سنگ­های آن را به اصفهان منتقل کنند و آن کلیسا را مجدداً در جلفا بنا نهند، اما از آنجایی که این کار عملی نبود، تنها پانزده قطعه سنگ از محراب و نقاط مختلف آن کلیسا جدا ساختند و آنها را به اصفهان منتقل کردند. سه قطعه از این سنگ ها با حجاری صلیب در جلوی محراب و مابقی آنها در صحن شمالی کلیسای گئورگ مقدس قرار داده شدند. از آنجایی که این سنگ ها برای ارمنیان مقدس هستند از آن زمان به بعد کلیسای گئورگ مقدس تبدیل به زیارتگاه ارمنیان ایران شد.