دوره دوم: در فاصله سال های 1900 تا 1980م/1279 تا 1359ش.
در این بخش به طور مختصر به فعالیت مدارس بین سالهای 1900 تا 1913 پرداخته می شود.
در سال 1900 میلادی، با توجه به افزایش تعداد دانش آموزان مدرسه دخترانه کاتارینای مقدس و نامناسب بودن فضای کلاس ها، با کمک های مالی ارامنه، ساختمان جدیدی بنام "مدرسه دخترانه کاتارینیان" تاسیس شد و مدرسه دخترانه سابق به این مدرسه نوساز منتقل گردید.
بنا به وصیت گئورگ کانانیان، مدیری نامدار در یکی از مدارس ارمنی‌زبان مسکو، همسرش خانم وارواره کانانیان "مدرسه کانانیان" را در منطقه جلفا اصفهان تاسیس کرد. همچنین با با کمک های مالی خانم کانانیان اولین کودکستان جلفای اصفهان در سال 1901 میلادی، در ساختمانی واقع در جنب مدرسه در حال ساخت "مدرسه کانانیان" افتتاح شد که در سال 1905 میلادی، با اتمام ساخت این مدرسه، کودکستان و همچنین کلاس های بالاتر مدارس مرکزی پسران و کاتارینای دختران به این مدرسه انتقال یافتند.
از سال 1907 تا 1920، یک مدرسه شبانه روزی معنوی نیز در طبقه دوم مدرسه افتتاح شد، سپس به سن پترزبورگ منتقل شد. صومعه ناجی ترین. اگرچه این مدرسه به عنوان بخش پسرانه ساخته شده بود، اما اغلب دستخوش تغییراتی شد، هم پسرانه و هم دخترانه شد و یا دوجنسه بود.
در1905 م/1284ش، در مدرسهٔ مرکزی، مدرسهٔ فنی ـ حرفه ای یا هنرستان دایر شد و حدود سی سال به کار خود ادامه داد. همچنین از1907 م/1286ش در طبقهٔ بالای مدرسهٔ مرکزی مدرسهٔ شبانه روزی علوم دینی آغاز به کار کرد که تا سال های دههٔ1920 م / دههٔ1300 ش فعالیت داشت. این مدرسه در برخی از سال ها به دیرِ آمِناپرکیچ (کلیسای وانک) انتقال می یافت.
