۲۴ آوریل ۱۹۱۵، او هم‌قطار ششصد نویسنده و روشنفکر ارمنی بود که به تبعید اجباری فرستاده شدند؛ تبعید اجباری که سرآغاز یک نسل‌کشی بود. دویست متفکر ارمنی ساکن استانبول در یک روز به بهانه ی تهییج برای شورش علیه امپراتوری عثمانی بازداشت شدند. به زودی فصلی تاریک از یک نسل‌کشی بی‌سروصدا رخ داد، فاجعه‌ای که هیچ‌کدام از بازماندگانش دیگر نتوانستند فراموشش کند، آن‌ها که زنده ماندند هم دیگر تاب زندگی نداشتند، درست مثل «کومیتاس وارداپت»، روحانی و آهنگساز برجسته ی ارمنی که روزگاری نوای موسیقی محلی ارمنی با تنظیم او در سالن‌های مشهور موسیقی وین و سراسر اروپا می‌پیچید.
کومیتاس شاهد اتفاقی بود که بعد‌ها درباره‌اش سکوت کرد. او توان ثبت این فاجعه را نداشت، درست همان‌طور که هنری مورگنتاو، سفیر وقت آمریکا در امپراتوری عثمانی پیش‌بینی کرده بود. او در گزارش‌هایش به دولت آمریکا درباره ی کشتار وحشیانه ارامنه و راندنشان از خاک عثمانی می‌نویسد: «من به هیچ وجه به جزئیات این فاجعه نمی‌پردازم، چرا که این جنون بیمارگونه که به شکل وحشیانه‌ای زنان و کودکان و مردان ارمنی را به قتل می‌رساند، نباید در آمریکا مطرح شود، چون توان شنیدنش وجود ندارد».
زندگی و سرنوشت کومیتاس نمونه ی تمام عیار تراژدی است، کودکی‌های سخت و زندگی در نوانخانه‌ها از او شخصیتی استوار ساخته بود. کومیتاس که رنج تنهایی را بعد‌ها در زندگی‌اش التیام داد و بدل به یکی از اثرگذارترین‌ها در حوزه ی ثبت و تنظیم دوباره ی موسیقی محلی و سنتی ارمنستان شد، در مقابل نسل‌کشی و کشتار هموطنانش چنان به زانو درآمد که دیگر هرگز تا پایان عمر سلامتی‌اش را به دست نیاورد. در میان گروه اول دستگیرشدگان چهره‌هایی همچون کومیتاس کم نبودند، هم‌قطاران او پزشکان، روزنامه‌نگاران و هنرمندان سر‌شناس ارمنی بودند که در بحبوحه ی جنگ جهانی اول قربانی یک کینه ی تاریخی شدند.
کومیتاس جزو معدود بازماندگان آن تبعید بود، او سیزده روز در تبعید به سر برد و در این مدت شاهد سبوعیتی نادر از سوی سربازان عثمانی در مورد هم‌قطارانش بود. آزاد شدن و زنده ماندن او از آن گروه بیشتر شبیه معجزه بود، با این حال کومیتاس از اوایل ۱۹۰۰ به عنوان چهره ی سر‌شناس موسیقی در اروپا شناخته شده بود و به نظر می‌رسد پادرمیانی کشورهای اروپایی از طریق سفارتخانه‌هایشان در ترکیه در این آزادی بی‌تاثیر نبود. کومیتاس پس از آزادی نتوانست به زندگی عادی برگردد و به زودی راهی یکی از آسایشگاه‌های روانی در حومه ی پاریس شد و تا ۲۰ سال بعد درباره ی آن فاجعه ی بشری که شاهدش بود سکوت کرد.
بعد‌ها یکی از دوستان و هم‌قطارانش به نام آرام آندونیان که همچون کومیتاس از آن نسل‌کشی جان سالم به در برده بود درباره ی آنچه کومیتاس و او در آن سیزده روز شاهدش بودند نوشت. این یادداشت‌ها بعد‌ها در کتابی با عنوان «ژرفاکاوی جنون» نوشته ی ریتا سولاهیان کویومجیان منتشر شد. او در آن در شرایط غیرانسانی همراه با دوستان ارمنی‌اش چنان مورد بی‌احترامی قرار گرفت که دیگر هرگز سایه شوم ژاندارم‌های ترک از زندگی‌اش بیرون نرفتند. درست در لحظه‌ای که بعد از روز‌ها پیاده‌روی و سفر به عنوان زندانی در راه تبعید موفق شده بود به آبی برای نوشیدن دست پیدا کند، با صحنه‌ای مواجه شد که به گفته هم‌قطارانش برای همیشه او را از حالت عادی خارج کرد. کومیتاس لب‌هایش را برای نوشیدن آب به سطل نزدیک می‌کرد، ژاندارمی سوار بر اسب به سوی او تاخت. آرام آندونیان می‌نویسد: «ژاندارمی سوار بر اسب به سوی آنان تاخت، از روی اسب خم شد، سطل را از چهره کومیتاس پس کشید و آب را روی او ریخت. کومیتاس شگفت‌زده شد، نمیتوانست حرکت کند. اگار یخ زده بود. دستما‌ل‌هایی را که به سوی او دراز شده بود تا چهره‌اش را خشک کند نمی‌دید، چشم‌هایش با بهت‌زدگی به ژاندارم دوخته شده بود...»
پس از آنکه ژاندارم دور شد، کومیتاس نگاهش به گونه‌ای دیگر شده بود. انگار به همۀ کسانی که پیرامونش بودند با وحشت و بدگمانی نگاه می‌کرد. تاریکی فرا می‌رسید و کاروان به سوی کالجیک به راه افتاد، جایی که زندانیان باید شب را نزدیک آنجا بگذرانند. آن‌ها که در لباس‌های نازکشان یخ زده بودند گمان نمی‌کردند زنده به چانکیری برسند... کومیتاس بیش از پیش در هراس و وحشتی کور فرو می‌رفت. وارتابد گریگوری بالاکیان، کشیشی که با کومیتاس در یک گاری بود، بعد‌ها نوشت: «کومیتاس در پشت هر درخت جاده، ژاندارمی را می‌دید که پنهان شده است و چهره‌اش را با دست‌هایش می‌پوشاند و از همکارانش می‌خواست برایش دعا کنند و سرش را زیر کتش پنهان می‌کرد».
بامداد روز دیگر که کومیتاس از ساختمان بیرون آمد، دوستانش رفتار او را عجیب و غریب‌تر دیدند. برابر اقامتگاه در میدان ایستاد، نا‌آرام و پریشان بود. پیوسته زیر لب چیزهایی می‌گفت که کسی نمیتوانست بفهمد. همین که ژاندارمی از کنارش می‌گذشت، تا کمر خم می‌شد. به زودی در برابر همه، تعظیم می‌کرد. به ویژه هنگامی پریشان‌تر و بدحال‌تر شد که پیام‌آوری از آنکارا سررسید با دستوری که آرتسرونی (یکی از زندانیان) را به آنکارا ببرند تا به آیاش فرستاده شود. کومیتاس با شنیدن این دستور دچار هراس شد و بار‌ها و بار‌ها پرسید آن مرد را به کجا بردند. پس از آن، همین که به گروهی از زندانیان پیوست ناگهان فریاد زد: «راه را باز کنید! بگذارید او برود!» مردان برگشتند و دیدند خری مردنی، بار بر پشت، پشت سر آنان است. کومیتاس به حیوان تعظیم کرد و از دوستانش خواست که آن‌ها نیز تعظیم کنند.
کم و بیش ساعت هشت صبح، در بامداد آن روز پراندوه، زیر نگاه‌های سخت و خیره مانده ی افسران درجه‌دار، کاروان سفر دوازده ساعته‌اش را به سوی چانکیری آغاز کرد. در این زمان کومیتاس از اندیشه ی کار‌هایش، توده کاغذهای نازکی که ناچار شده بود در استانبول آن‌ها را رها کند، به گونه‌ای کشنده، رنج می‌کشید، فریاد می‌زد و کسی نمیتوانست او را آرام کند. آن‌ها که پیرامون او بودند با نگرانی می‌دیدند که دگرگون شده است. آدمی که در حالت‌های سخت، به دیگران نیرو می‌داد - به ویژه به دوستش دکتر تورگومیان - اکنون از ترس، کوچک‌انگاری و تحقیر، درهم ریخته بود. دهه‌های بعد، آندونیان باز هم شگفت‌زده بود از این دگرگونی در شخصیت کومیتاس... اما او اطمینان داشت که آغاز این حالت دگرگونی در کومیتاس، با یورش آوردن آن ژاندارم به او در اقامتگاه راولی بود.
با این حال روایت‌های دیگری هم وجود دارد. دوستان دیگرش می‌گویند این جنون نبود که او را ۲۰ سال تمام وادار به سکوت کرد، بلکه کومیتاس پس از آن فجایع انسانی و کشته شدن یک به یک هم‌قطارانش باورش را نسبت به انسان و زندگی جمعی از دست داد و ترجیح داد باقی عمرش را در سکوت و خلوت سپری کند. کومیتاس ۲۰ سال تمام زنده ماند و سکوتش نماد آن وحشت و قتل‌عامی شد که دولت عثمانی برای ارمنی‌های ساکن ترکیه ایجاد کرده بود.
با این همه او در آن سال‌های فعالیت و زیست هنری‌اش برای فرهنگ و هنر ارمنستان کاری ماندگار کرد. بیش از ۴ هزار ترانه و آواز فولکلور را ثبت و ضبط کرد. کومیتاس شیوه ی نت‌نویسی ارمنی را بعد از صد سال دوباره احیا کرد، کوارتت‌هایی نوشت که هنوز هم در سراسر جهان اجرا می‌شود. او که شیفته ی کلیسا و روحانیت بود و خود در قامت یک کشیش اهل هنر سال‌ها پژوهش و کار کرده بود، دست آخر به دلیل فشار‌ها و افتراهایی که به او وارد شد ترجیح داد از کلیسا استعفا بدهد. همین فشار‌ها و برنتافتن پیوند موسیقی مردمی و موسیقی کلیسایی بود که سبب شد او در سال ۱۹۱۱ به استانبول پناه ببرد تا در آنجا آزادنه‌تر کار کند، اما سرنوشت برای او جور دیگری رقم خورده بود. او در اوایل آوریل ۱۹۱۵ یکی از باشکوه‌ترین اجرا‌هایش را در استانبول اجرا کرد و آن‌ها که در فرستادن او و هم‌قطاران ارمنی‌اش به تبعید دستی داشتند شاهد آن اجرا بودند و برایش کف زدند. با این حال کومیتاس به عنوان پیشگام و بنیانگذار موسیقی کلاسیک ارمنی در یاد‌ها ماند.
توماس هرمان، آهنگساز مشهور آلمانی درباره ی کومیتاس می‌گوید: «او درخشان‌ترین چهره ی موسیقی محلی ارمنی است. تنظیم‌های او و تحقیق‌هایی که در این‌باره کرده، گنجینۀ بزرگی به جهان موسیقی هدیه کرده است که هرگز فراموش نمی‌شود».